Trường ĐH Khoa học Tự nhiên HCM còn tình trạng thu một số khoản chưa có trong quy định như: gia hạn thời gian học tập; bồi dưỡng kiến thức đầu vào; “ lệ phí” bảng điểm; lệ phí làm thẻ sinh viên; khấu hao trang phục bằng tốt nghiệp...được Kiểm toán Nhà nước chỉ ra.