Sau khi chuyển về Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, hoạt động của VNR gặp nhiều khó khăn khi không tiếp tục được giao dự toán thu chi ngân sách nhà nước để thực hiện công tác quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt.