Tổng cục Thuế cho biết, nhiều doanh nghiệp trực tiếp hoàn thuế GTGT tiến hành các thủ đoạn hết sức tinh vi, có tổ chức như sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu.