Theo báo cáo kiểm toán, nhiều đơn vị trực thuộc Trường đại học Bách Khoa hoạt động không hiệu quả, có đơn vị còn thua lỗ. Một số nội dung còn chưa được phản ánh đầy đủ tính chất; phân bổ sai chi phí dẫn đến chưa kê khai đầy đủ một số loại thế phát sinh trong năm.