Trong chấm điểm cải cách hành chính các đơn vị khối Tổng cục thuộc Bộ Tài chính theo Quyết định 1703/QĐ-BTC với thang điểm 100, Tổng cục Hải quan xếp thứ 1/5, trong đó điểm đơn vị đánh giá là 97,5; điểm thẩm định là 96,5.