Thanh tra Chính phủ khẳng định, Bộ Y tế và tất cả các địa phương đều có thiếu sót, vi phạm trong quá trình tổ chức thực hiện các quy định về mua sắm, đấu thầu trang thiết bị y tế, vật tư y tế và đầu thầu thuốc từ bước lập kế hoạch, đấu thầu, ký kết và thực hiện hợp đồng.