Trong bối cảnh nông nghiệp Việt Nam đang chuyển mình hướng tới công nghiệp hóa - hiện đại hóa, ngành Tài chính đã và đang triển khai hàng loạt chính sách thuế, phí ưu đãi, giúp giảm gánh nặng tài chính, tạo động lực cho nông dân tham gia nông thôn mới (NTM), từ mô hình HTX kiểu mẫu đến du lịch cộng đồng.

Là một trong những công cụ thuế quan trọng nhất, thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) được ngành Tài chính điều chỉnh linh hoạt để hỗ trợ trực tiếp cho chuỗi giá trị nông nghiệp, từ khâu sản xuất thô đến chế biến, xuất khẩu. Theo Luật Thuế GTGT 2024 (hiệu lực từ 01/7/2025), nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường (như làm sạch, phơi khô, bóc vỏ) được miễn hoàn toàn thuế GTGT, áp dụng cho cá nhân, hộ kinh doanh tự sản xuất và bán ra thị trường. Điều này không chỉ giảm chi phí đầu vào cho nông dân mà còn giúp nông sản Việt Nam cạnh tranh hơn trên thị trường quốc tế, đặc biệt trong bối cảnh hội nhập CPTPP và EVFTA. Ví dụ, hộ chăn nuôi lợn ở Đồng Nai hay trồng cà phê ở Đắk Lắk có thể tiết kiệm hàng chục triệu đồng mỗi năm nhờ không phải kê khai, nộp thuế GTGT, từ đó đầu tư thêm vào giống cây, phân bón hữu cơ.

Tuy nhiên, từ 01/7/2025, có sự thay đổi đáng kể: Doanh nghiệp mua nông sản thô từ hộ/cá nhân để bán thương mại cho doanh nghiệp khác phải kê khai thuế GTGT ở mức 5% (bỏ miễn thuế khâu thương mại), nhằm tăng cường quản lý chuỗi cung ứng và chống thất thu ngân sách. Dù vậy, chính sách này vẫn ưu đãi thuế suất 0% cho xuất khẩu nông sản (trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản), giúp doanh nghiệp như Vinamilk hay các hợp tác xã xuất khẩu gạo ST25 giảm gánh nặng thuế, tăng kim ngạch xuất khẩu lên mục tiêu 100 tỷ USD/năm đến 2030. Ngoài ra, giảm 2% thuế GTGT cho phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và thức ăn chăn nuôi (đề xuất gia hạn đến 2026) tiếp tục hỗ trợ nông dân ứng phó biến đổi khí hậu, thúc đẩy nông nghiệp hữu cơ – một tiêu chí quan trọng trong xây dựng NTM nâng cao.

Đối với lĩnh vực thuế TNDN, Luật Thuế TNDN sửa đổi 2024 mang đến "lá chắn" mạnh mẽ cho doanh nghiệp nông nghiệp. Các dự án đầu tư mới vào trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản được miễn thuế 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo, với thuế suất ưu đãi chỉ 10-20%. Hợp tác xã (HTX) nông nghiệp trực tiếp sử dụng đất sản xuất được miễn thuế đến hết 2025, theo Luật Thuế sử dụng đất nông nghiệp 1993 (Điều 10) và Nghị quyết 107/2020/QH14. Điều này đặc biệt ý nghĩa với các HTX ở vùng sâu, vùng xa như Tây Nguyên hay Đồng bằng sông Cửu Long, nơi vốn đầu tư hạn chế. Chế biến sâu nông sản – khâu yếu của Việt Nam – cũng được ưu đãi: Thu nhập từ chế biến và xuất khẩu gạo, cà phê được miễn 2 năm, giảm 50% trong 4 năm, khuyến khích doanh nghiệp như Tập đoàn Trung ương Lương thực Miền Nam (Vinafood 2) đầu tư công nghệ cao, tạo chuỗi giá trị khép kín.

Những chính sách này không chỉ giảm chi phí sản xuất (ước tính tiết kiệm 7.500 tỷ đồng/năm từ miễn thuế đất) mà còn khuyến khích chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp theo hướng bền vững, phù hợp với Bộ tiêu chí quốc gia NTM giai đoạn 2021-2025. Theo báo cáo của Bộ Tài chính, nhờ ưu đãi thuế, số HTX nông nghiệp tăng 15% hàng năm, góp phần nâng tỷ lệ xã đạt chuẩn NTM lên 75% vào cuối 2025. Tuy nhiên, thách thức nằm ở việc doanh nghiệp nhỏ lẻ chưa tiếp cận hết ưu đãi do thủ tục hành chính phức tạp, đòi hỏi ngành Tài chính cần số hóa kê khai thuế qua etax.gdt.gov.vn để hỗ trợ tốt hơn.

Bên cạnh thuế trực thu, các chính sách phí và lệ phí của Bộ Tài chính đóng vai trò "đòn bẩy" gián tiếp, tập trung vào hạ tầng và an sinh xã hội nông thôn. Đầu tiên phải kể đến chính sách miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp – một "trụ cột" được kéo dài đến hết 31/12/2030 theo đề xuất của Bộ Tài chính, dựa trên Nghị quyết 107/2020/QH14 và các nghị quyết trước đó. Chính sách này miễn hoàn toàn thuế cho hộ gia đình, cá nhân trực tiếp sản xuất (trừ trường hợp cho thuê đất), giúp nông dân tiết kiệm khoảng 7.500 tỷ đồng/năm, tương đương nguồn vốn đầu tư cho tưới tiêu, đường sá ở xã NTM.

Liên quan đến phí, Thông tư 53/2022/TT-BTC quy định quản lý kinh phí sự nghiệp từ ngân sách trung ương cho Chương trình MTQG xây dựng NTM 2021-2025, ưu tiên miễn lệ phí cấp sổ đỏ cho đất nông nghiệp ở xã NTM và hộ nghèo. Giảm 50% phí bảo vệ môi trường cho sản xuất nông nghiệp sạch và miễn phí thủy lợi cho hộ nghèo nông thôn (Nghị định 27/2022/NĐ-CP) giúp giảm chi phí hạ tầng, hỗ trợ tiêu chí "môi trường" trong NTM nâng cao. Đặc biệt, từ 2025, giảm 30% tiền thuê đất cho dự án giáo dục, y tế, văn hóa ở nông thôn, mở rộng đối tượng cho HTX và điểm bưu điện - văn hóa xã, theo chính sách đất đai mới. Những ưu đãi này đã giúp hơn 60% xã NTM hoàn thành hạ tầng cơ bản, như đường giao thông nông thôn và hệ thống nước sạch, theo báo cáo tổng kết Chương trình MTQG.

Trong xây dựng NTM, phí và lệ phí còn lồng ghép vào Quỹ Hỗ trợ nông dân (Thông tư số 92/2024/TT-BTC hướng dẫn một số điều của Nghị định số 37/2023/NĐ-CP của Chính phủ về thành lập, tổ chức và hoạt động của Quỹ Hỗ trợ nông dân), miễn phí cho vay ưu đãi lãi suất thấp cho hộ nghèo, ưu tiên đồng bào dân tộc thiểu số. Điều này hỗ trợ tiêu chí "giảm nghèo bền vững", giúp tỷ lệ hộ nghèo nông thôn giảm từ 2,5% (2024) xuống dưới 1% (2030). Tuy nhiên, phân bổ kinh phí sự nghiệp từ ngân sách trung ương (196.332 tỷ đồng cho toàn Chương trình) vẫn gặp hạn chế do giải ngân chậm ở một số địa phương, đòi hỏi Bộ Tài chính tăng cường giám sát qua hệ thống dữ liệu quốc gia.

Với định hướng đến 2030, ngành Tài chính cam kết tiếp tục tinh chỉnh để nông thôn Việt Nam thực sự "xanh - sạch - đẹp", góp phần vào mục tiêu quốc gia phát triển bền vững.

PV