TCDN - Bài viết phân tích quy định pháp lý về thuế thu nhập doanh nghiệp tại các đơn vị sự nghiệp công, thực trạng áp dụng và những thách thức gặp phải, đồng thời đề xuất một số giải pháp nhằm tối ưu hóa việc thực hiện nghĩa vụ thuế trong bối cảnh đổi mới cơ chế tài chính công.

Tóm tắt:

Các đơn vị sự nghiệp công lập tại Việt Nam đóng vai trò quan trọng trong cung cấp dịch vụ công, bao gồm các lĩnh vực như giáo dục, y tế, nghiên cứu khoa học, văn hóa và thể thao. Theo quá trình đổi mới cơ chế tài chính, nhiều đơn vị sự nghiệp công đã được trao quyền tự chủ tài chính, dẫn đến phát sinh nghĩa vụ thuế, đặc biệt là thuế thu nhập. Việc xác định thuế thu nhập tại các đơn vị sự nghiệp công đòi hỏi tuân thủ chặt chẽ các quy định của pháp luật, đồng thời cần có sự điều chỉnh linh hoạt để phù hợp với đặc thù hoạt động của từng loại hình đơn vị.

Bài viết này phân tích quy định pháp lý về thuế thu nhập doanh nghiệp tại các đơn vị sự nghiệp công, thực trạng áp dụng và những thách thức gặp phải, đồng thời đề xuất một số giải pháp nhằm tối ưu hóa việc thực hiện nghĩa vụ thuế trong bối cảnh đổi mới cơ chế tài chính công.

1. Quy định pháp lý về thuế thu nhập tại các đơn vị sự nghiệp công

1.1. Phân loại đơn vị sự nghiệp công và nghĩa vụ thuế thu nhập

Theo Luật Quản lý, sử dụng tài sản công 2017 và Nghị định số 60/2021/NĐ-CP, các đơn vị sự nghiệp công được chia thành ba nhóm chính:

Nhóm 1:  Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư.Nhóm 2: Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyênNhóm 3: Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyênNhóm 4: Đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyênTrong đó, các đơn vị thuộc Nhóm 1, 2 và Nhóm 3 có phát sinh thu nhập từ hoạt động cung cấp dịch vụ công hoặc sản xuất kinh doanh sẽ phải thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) số 14/2008/QH12, được sửa đổi bổ sung bởi Luật số 32/2013/QH13 và các văn bản hướng dẫn.

1.2. Căn cứ tính thuế thu nhập doanh nghiệp tại đơn vị sự nghiệp công

Theo Nghị định số 218/2013/NĐ-CP, Thông tư 78/2014/TT-BTC và Thông tư 96/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn hiện hành, thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của đơn vị sự nghiệp công được tính trên cơ sở:

Đối với đơn vị sự nghiệp công lập cung cấp dịch vụ công thuộc nhóm 1, nhóm 2 có thu nhập chịu thuế TNDN xác định được doanh thu, chi phí, thu nhập thì phải nộp thuế Thu nhập doanh nghiệp như các doanh nghiệp thông thường với mức thuế suất phổ thông là 20%, trừ các trường hợp được ưu đãi thuế.

Đối với đơn vị sự nghiệp công hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cung cấp dịch vụ công thì kê khai nộp thuế Thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên toàn bộ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ do Chính phủ quy định.

2. Thực trạng áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp tại các đơn vị sự nghiệp công

2.1. Hệ thống quy định pháp lý về thuế thu nhập doanh nghiệp tại đơn vị sự nghiệp công

Theo Luật Thuế Thu nhập Doanh nghiệp 2008, sửa đổi bổ sung bởi Luật số 32/2013/QH13, và các văn bản hướng dẫn như Nghị định số 218/2013/NĐ-CP, Thông tư 78/2014/TT-BTC và Thông tư 96/2015/TT-BTC, Luật Phí và lệ phí 2015, các đơn vị sự nghiệp công lập có nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập không thuộc nhiệm vụ cung cấp dịch vụ công ích.

Tuy nhiên, Nghị định số 60/2021/NĐ-CP đã phân loại các đơn vị sự nghiệp công thành ba nhóm:

Nhóm 1 và nhóm 2: Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư; Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp Nhóm 3: Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên; có thể phát sinh nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệpNhóm 4: Đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên → Không phải nộp thuế thu nhập.Theo quy định này, những đơn vị sự nghiệp công có cung cấp dịch vụ công, hoạt động kinh doanh, dịch vụ ngoài nhiệm vụ công ích sẽ phải nộp thuế TNDN.

2.2. Thực trạng áp dụng thuế thu nhập tại đơn vị sự nghiệp công

2.2.1. Những đơn vị chịu sự điều chỉnh của thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo báo cáo của Bộ Tài chính, các đơn vị sự nghiệp công có thu nhập chịu thuế thường thuộc các lĩnh vực:

Giáo dục - đào tạo: Các trường đại học công lập; các trường cao đẳng, trung cấp gọi chung là cơ sở giáo dục nghề nghiệp có thu nhập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, các dịch vụ đào tạo liên kết, nghiên cứu khoa học và các dịch vụ khác theo quy định của pháp luật.Y tế: Các bệnh viện công lập có nguồn thu từ dịch vụ khám chữa bệnh theo yêu cầu, hợp tác công tư.Văn hóa, thể thao: Các trung tâm thể thao, nhà hát công lập có nguồn thu từ bán vé, tổ chức sự kiện.Nghiên cứu khoa học: Các viện nghiên cứu có nguồn thu từ hợp đồng nghiên cứu với doanh nghiệp tư nhân.Những đơn vị này phải thực hiện kê khai và nộp thuế theo các quy định hiện hành.

2.2.2. Khó khăn và vướng mắc trong thực tiễn áp dụng

2.2.2.1. Chưa phân định rõ thu nhập chịu thuế và thu nhập được miễn thuế

Theo Điều 4, Thông tư 78/2014/TT-BTC, thu nhập từ hoạt động cung cấp dịch vụ công được miễn thuế, nhưng nhiều đơn vị sự nghiệp công chưa xác định rõ ràng phần thu nhập nào thuộc phạm vi miễn thuế và phần nào thuộc diện phải nộp thuế. Ví dụ: Một cơ sở giáo dục nghề nghiệp cung cấp dịch vụ công về đào tạo, thuộc đối tượng nhóm 3 theo Nghị định 60/2021/NĐ-CP có thu nhập từ thu học phí từ người học,  kinh phí ngân sách cấp bù miễn giảm học phí cho các đối tượng theo quy định, thực hiện chính sách khuyến khích học tập cho các đối tượng và các chương trình mục tiêu quốc gia khác. Tuy nhiên, hiện nay quy định cụ thể về các khoản thu nhập chịu thuế và không chịu thuế chưa rõ ràng nên các cơ sở giáo dục nghề nghiệp khó vận dụng vào tình hình thực tế, nhiều khi còn hiểu sai lệch chưa đúng và chưa thống nhất gây khúc mắc cho các đối tượng nộp thuế.Việc xác định và hạch toán riêng từng nguồn thu để kê khai đúng quy định gặp nhiều khó khăn nhất là đối với các đơn vị sự nghiệp công có nhiều hoạt động liên quan chặt chẽ, không tách biệt rõ ràng.

2.2.2.2. Khó khăn trong xác định chi phí hợp lý

Các quy định về chi phí được trừ trong Thông tư 96/2015/TT-BTC chưa hoàn toàn phù hợp với đặc thù của đơn vị sự nghiệp công tự chủ thuộc nhóm 1 và nhóm 2.Một số khoản chi phục vụ cả hoạt động công ích và hoạt động kinh doanh (ví dụ: chi phí nhân sự, thuê mặt bằng) rất khó xác định tỷ lệ chi phí hợp lý được khấu trừ thuế.Đối với các đơn vị sự nghiệp công thuộc nhóm 3 theo Nghị định 60/2021/NĐ-CP cung cấp dịch vụ sự nghiệp công cơ bản thiết yếu, có ảnh hưởng tới an sinh xã hội mà giá dịch vụ cung ứng chưa tính đủ chi phí, không phải hoạt động kinh doanh lợi nhuận thì vấn đề xác định chi phí và nộp thuế TNDN hiện nay gây khó khăn và chưa phù hợp đối với các đơn vị.

2.2.2.3. Việc thực hiện kê khai và quyết toán thuế chưa đồng bộ

Nhiều đơn vị sự nghiệp công chưa thực sự quan tâm đến kê khai, theo dõi về thuế nói chung và thuế thu nhập doanh nghiệp nói riêng, dẫn đến sai sót trong kê khai và quyết toán thuế.Theo quy định hiện hành, vẫn còn nhiều quy định chưa rõ ràng về nghĩa vụ thuế đối với các đơn vị sự nghiệp công lập đặc biệt là nhóm 3.Chỉ khi các cơ quan chuyên ngành thuế thanh kiểm tra các dơn vị sự nghiệp công thực hiện kê khai và nộp bổ sung phần thuế do hiểu chưa đúng hoặc pháp luật hiện hành chưa rõ ràng.Cục Thuế Hà Nội báo cáo rằng một số trường đại học công lập tại Hà Nội đã kê khai sai thu nhập chịu thuế, dẫn đến thất thoát thuế.2.2.2.4. Chính sách ưu đãi thuế chưa đồng nhất

Mặc dù Luật Thuế TNDN có các quy định về ưu đãi thuế đối với lĩnh vực giáo dục, y tế, nhưng việc áp dụng ưu đãi giữa các địa phương chưa thống nhất, gây khó khăn cho các đơn vị khi thực hiện nghĩa vụ thuế. 

3. Đề xuất giải pháp nâng cao hiệu quả thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp tại đơn vị sự nghiệp công

3.1. Hoàn thiện hệ thống pháp luật về thuế thu nhập đối với đơn vị sự nghiệp công

3.1.1. Bổ sung hướng dẫn chi tiết về thu nhập chịu thuế và thu nhập miễn thuế

Vấn đề: Hiện nay, nhiều ĐVSNC gặp khó khăn trong việc phân định thu nhập từ hoạt động công ích (được miễn thuế) và thu nhập từ hoạt động cung cấp dịch vụ công, thu nhập từ hoạt động kinh doanh dịch vụ (chịu thuế).Giải pháp: Bộ Tài chính cần sửa đổi luật thuế thu nhập doanh nghiệp và ban hành hướng dẫn cụ thể về tiêu chí xác định rõ ràng từng loại thu nhập, đảm bảo sự thống nhất trong việc áp dụng thuế đối với các đơn vị sự nghiệp công.3.1.2. Điều chỉnh chính sách ưu đãi thuế hợp lý

Mở rộng đối tượng được miễn thuế: Cần xem xét miễn giảm thuế TNDN đối với các khoản thu từ hoạt động hợp tác công tư (PPP) trong lĩnh vực giáo dục, y tế, nghiên cứu khoa học, nhằm khuyến khích sự tham gia của tư nhân trong cung cấp dịch vụ công.Áp dụng thuế suất ưu đãi linh hoạt: Xem xét áp dụng mức thuế 10% thay vì 20% cho các ĐVSNC có hoạt động kinh doanh nhưng vẫn phục vụ mục tiêu công ích. Đồng thời, có chính sách cho các đơn vị sự nghiệp công thuộc nhóm 3, giá dịch vụ công chưa tính đủ chi phí thực hiện chế độ nộp thuế trên thu nhập chịu thuế hay vì nọp thuế trên tỷ lệ doanh thu.3.1.3. Hoàn thiện quy định về chi phí được trừ khi tính thuế

Các chi phí hoạt động chung giữa hoạt động công ích và hoạt động kinh doanh cần có hướng dẫn cụ thể về tỷ lệ phân bổ hợp lý khi xác định chi phí được trừ.Xây dựng danh mục chi phí đặc thù áp dụng cho các đơn vị sự nghiệp công, đảm bảo phản ánh đúng thực tế hoạt động của đơn vị.3.2. Nâng cao năng lực quản lý thuế tại các đơn vị sự nghiệp công

3.2.1. Tổ chức đào tạo và nâng cao nhận thức về thuế

Vấn đề: Nhiều đơn vị chưa có đủ nhân sự chuyên trách về thuế, dẫn đến sai sót trong kê khai và quyết toán thuế.Giải pháp:Cục Thuế các địa phương cần tổ chức các khóa đào tạo định kỳ về quản lý thuế cho cán bộ tài chính - kế toán tại các ĐVSNC.Xây dựng tài liệu hướng dẫn thực tiễn về kê khai thuế thu nhập, giúp đơn vị chủ động thực hiện đúng nghĩa vụ thuế.3.2.2. Thành lập bộ phận chuyên trách về thuế trong đơn vị sự nghiệp công

Đối với các đơn vị có nguồn thu lớn từ hoạt động kinh doanh, cần thành lập tổ chuyên trách về thuế để giám sát, kê khai và thực hiện quyết toán thuế đúng quy định.Tăng cường phối hợp giữa kế toán nội bộ với cơ quan thuế để cập nhật kịp thời các chính sách thuế mới.3.3. Tăng cường kiểm tra, giám sát và minh bạch hóa nghĩa vụ thuế

3.3.1. Nâng cao năng lực kiểm tra, thanh tra thuế

Vấn đề: Một số ĐVSNC chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế do cơ chế giám sát chưa chặt chẽ.Giải pháp:Cục Thuế cần tăng cường kiểm tra định kỳ đối với các ĐVSNC có hoạt động kinh doanh, đảm bảo kê khai thuế đúng quy định.Xây dựng hệ thống cảnh báo sớm đối với các đơn vị có dấu hiệu kê khai thiếu thuế hoặc không minh bạch trong hạch toán thu nhập.3.3.2. Công khai, minh bạch thông tin về nghĩa vụ thuế

Yêu cầu các ĐVSNC công khai nghĩa vụ thuế trong báo cáo tài chính hàng năm, tạo sự minh bạch và trách nhiệm giải trình.Tích hợp dữ liệu thuế vào hệ thống quản lý tài chính công, giúp cơ quan quản lý giám sát tốt hơn việc thực hiện nghĩa vụ thuế.3.4. Ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý thuế

3.4.1. Triển khai hệ thống kê khai thuế điện tử chuyên biệt cho đơn vị sự nghiệp công

Vấn đề: Hiện nay, nhiều ĐVSNC vẫn thực hiện kê khai thuế theo quy trình thủ công, gây mất thời gian và dễ sai sót.Giải pháp:Cục Thuế phát triển cổng kê khai thuế điện tử riêng dành cho các đơn vị sự nghiệp công, giúp đơn giản hóa quy trình kê khai và quyết toán thuế.Tích hợp hệ thống thuế điện tử với phần mềm kế toán của đơn vị để tự động tính toán thu nhập chịu thuế và chi phí hợp lý.

3.4.2. Ứng dụng trí tuệ nhân tạo (AI) trong giám sát kê khai thuế

Sử dụng công nghệ AI và phân tích dữ liệu lớn (Big Data) để phát hiện sai lệch trong kê khai thuế, hỗ trợ cơ quan thuế trong việc thanh tra và quản lý thuế hiệu quả hơn.Áp dụng blockchain để đảm bảo tính minh bạch và an toàn trong lưu trữ chứng từ thuế.3.5. Đẩy mạnh phối hợp giữa các cơ quan quản lý thuế và đơn vị sự nghiệp công

3.5.1. Thiết lập cơ chế đối thoại thường xuyên

Cục Thuế, Bộ Tài chính và đại diện các đơn vị sự nghiệp công cần tổ chức đối thoại định kỳ để tháo gỡ vướng mắc trong thực thi chính sách thuế.Xây dựng tổng đài hỗ trợ trực tiếp giúp đơn vị sự nghiệp công giải đáp các thắc mắc về thuế một cách nhanh chóng.3.5.2. Phối hợp với Kiểm toán Nhà nước để giám sát nghĩa vụ thuế

Kiểm toán Nhà nước cần phối hợp với cơ quan thuế để kiểm tra báo cáo tài chính của các đơn vị sự nghiệp công, đảm bảo kê khai đúng thu nhập chịu thuế.Đề xuất xây dựng cơ sở dữ liệu chung giữa Kiểm toán Nhà nước và Tổng cục Thuế để tăng cường hiệu quả giám sát.Kết luận

Việc thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập tại đơn vị sự nghiệp công là yêu cầu quan trọng để đảm bảo tính minh bạch tài chính và tuân thủ pháp luật. Tuy nhiên, thực tế áp dụng còn nhiều khó khăn do chính sách chưa hoàn thiện, năng lực quản lý thuế hạn chế và công tác giám sát chưa hiệu quả.

Để nâng cao hiệu quả thực hiện nghĩa vụ thuế, cần triển khai đồng bộ các giải pháp từ hoàn thiện chính sách, nâng cao năng lực quản lý, đến ứng dụng công nghệ và tăng cường giám sát. Việc thực hiện tốt các giải pháp này không chỉ giúp ĐVSNC thực hiện đúng nghĩa vụ thuế mà còn góp phần tối ưu hóa nguồn thu ngân sách, hỗ trợ phát triển bền vững trong lĩnh vực cung cấp dịch vụ công.

Tài liệu tham khảo

Luật Thuế Thu nhập Doanh nghiệp 2008 (Luật số 14/2008/QH12), sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 32/2013/QH13.

Luật Quản lý thuế 2019 (Luật số 38/2019/QH14).

Luật Quản lý, sử dụng tài sản công 2017 (Luật số 15/2017/QH14.

Nghị định số 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ.

Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ.

Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính.

Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính.

Báo cáo Tổng kết Công tác Quản lý Thuế năm 2022, Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính.

Báo cáo Kiểm toán Nhà nước năm 2022 về quản lý tài chính tại đơn vị sự nghiệp công lập, Kiểm toán Nhà nước Việt Nam.

Báo cáo chuyên đề về cải cách chính sách thuế tại đơn vị sự nghiệp công lập, Viện Chiến lược và Chính sách Tài chính, Bộ Tài chính, năm 2023.

Nguyễn Thị Hồng Nhung & Lê Xuân Trường (2021). Hệ thống thuế Việt Nam – Lý luận và thực tiễn. Nhà xuất bản Tài chính.

Lê Thị Bích Thủy (2022), Ứng dụng công nghệ số trong quản lý thuế thu nhập doanh nghiệp tại các đơn vị sự nghiệp công lập. Tạp chí Kinh tế và Phát triển, số 312.

Nguyễn Văn Phụng (2019). Chính sách thuế doanh nghiệp và thách thức thực thi trong bối cảnh hội nhập. Nhà xuất bản Kinh tế Quốc dân.

Tổng cục Thuế - Bộ Tài Chính - https://www.gdt.gov.vn

Cổng Thông tin Điện tử Bộ Tài Chính - https://www.mof.gov.vn

Kiểm toán Nhà nước Việt Nam - https://www.sav.gov.vn

ThS. Trần Thị Ngọc Dung

Trường Cao đẳng Công nghiệp Nam Định

Tạp chí in số tháng 4/2025